Da database-profiling-and -partizionamento :
Vedi anche mongoexport esporta solo uno shard di dati (sebbene questo bug sia stato corretto dalla 1.9.1 e utilizzi una versione molto successiva)
Quindi prova a mongoexport
direttamente dal mongo istanza che contiene il system.profile
collezione che desideri.
**UPDATE**
Un secondo approccio è non usare mongoexport ma prendere la collezione direttamente dalla mongo shell (poiché puoi vedere la collezione dall'interno della mongo shell).
Per farlo, scrivi prima il seguente script e salvalo in print-profile.js
c = db.system.profile.find();
while(c.hasNext()) {
printjson(c.next());
}
quindi esegui la seguente riga dalla shell bash:
mongo localhost:27000/mydb print-profile.js > profile.json
Aspetta un po' e in profile.json
avrai i dati che ti servono.