Prova a correggere la versione del pacchetto:
[DoctrineMongoDBBundle]
git=https://github.com/symfony/DoctrineMongoDBBundle.git
target=/bundles/Symfony/Bundle/DoctrineMongoDBBundle
version=v2.0.0
E ricorda di utilizzare sempre bin/vendors install — non bin/vendors update . A meno che tu non stia sviluppando Symfony stesso, ovviamente.