Puoi creare l'indice con la mongo shell, ma se vuoi farlo tramite codice e poiché stai usando spring-data-mongodb, usa questo:
mongoTemplate.indexOps(B.class).ensureIndex(new Index().on("a", Order.ASCENDING));
Puoi anche specificare il nome della raccolta se il nome della tua classe non corrisponde:
mongoTemplate.indexOps("b").ensureIndex(new Index().on("a", Order.ASCENDING));