Prima di tutto, comprendi che JSON è solo una tecnica di serializzazione. Di per sé, questo metodo di serializzazione probabilmente non dovrebbe determinare il supporto di persistenza. Osservando la tua domanda in superficie, sembra che quello che stai cercando sia un tipico database di archiviazione relazionale in cui puoi utilizzare SQL per eseguire query sui tuoi dati in modo flessibile.
La serializzazione/deserializzazione dei dati JSON per l'archiviazione o per la presentazione dopo il recupero da un tale database relazionale è banale in quasi tutti i linguaggi di programmazione.
Ora, se hai davvero bisogno di archiviare vari frammenti di documenti JSON (o qualsiasi altro tipo di documento) che non hanno una struttura fissa, è proprio allora che in genere inizieresti a guardare un tipo di soluzione NoSQL come MongoDB. Un altro possibile scenario di questo tipo per l'utilizzo dei database NoSQL più popolari è quando hai a che fare con enormi quantità di dati e devi ridimensionare orizzontalmente (cioè i dati sono così grandi che devi ridimensionare il database su più server). Molti sistemi NoSQL lo rendono molto più facile rispetto ai tradizionali DB relazionali. Ovviamente in uno scenario del genere, dovresti quindi valutare quegli strumenti in base alla funzionalità che forniscono per consentirti di leggere, scrivere ed eseguire query sui dati nel modo più utile per i tuoi casi d'uso.