Fortunatamente mongodump 3.0 sta accettando opzioni per saltare determinate raccolte.
Questo ha risolto il mio problema non avendo l'accesso come amministratore al database per modificare le autorizzazioni. Tieni presente che non creerai più backup completi.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
o
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system
