L'ho appena risolto utilizzando l'ID dell'oggetto di riferimento invece dell'oggetto di riferimento stesso come termine di ricerca.
$_repo->findOneByCustomer($customer->getId());
EDIT:questo non sta generando l'eccezione ma in realtà non sta nemmeno restituendo nulla. Ho provato a utilizzare il nuovo MongoId($id) come suggerito in alcuni punti (Dottrina MongoDB trova per ID ), ma neanche quello ha funzionato. Infine, ho trovato qualcosa nel generatore di query completo che ricerca per riferimenti (nota:questo utilizza l'oggetto invece dell'ID dell'oggetto).
$dm->createQueryBuilder()->find('CantaoCustomerBundle:CustomerTags')
->field('customer')->references($customer)
->getQuery()->execute();
Sento che questo dovrebbe essere fatto in modo più semplice (come hai fatto in origine), ma questa correzione funziona per me.