Il modo più semplice è utilizzare i lock (commit a due fasi), sebbene in alcuni casi ciò non sia molto efficiente. Per una maggiore concorrenza è possibile implementare una sorta di MVCC sulla parte superiore di Mongo. Questo articolo fornisce una buona descrizione:
http://highlyscalable.wordpress.com/2012/ 01/07/mvcc-transazioni-valore-chiave/