Ci sono fondamentalmente due approcci:
- Assicurati che il codice dell'applicazione sia in grado di gestire sia le "versioni" della struttura dati, sia, durante il salvataggio, gli aggiornamenti alla nuova struttura
- Scrivi uno script di migrazione
Probabilmente opterei per l'opzione 1 in quanto è il metodo che ti consente di aggiornare gradualmente, mentre come con l'opzione 2 devi fondamentalmente rimuovere l'applicazione in modo da poter aggiornare il codice (veloce) e i dati (possibilmente più lenti) in una volta sola .
Quindi più tardi, o se lo ritieni necessario, esegui anche l'opzione 2 per migrare i tuoi dati. Questo quindi non deve rimuovere il tuo sito e può essere eseguito felicemente in modo asincrono in background.