L'ho cambiato per usare findOne invece di find e ora funziona. Non sono troppo sicuro del motivo per cui questo dovrebbe fare la differenza. Questa è la funzione findOne che ho usato:
User.findOne({'local.rooms': {$elemMatch: {name: req.body.username}}}, function (err, user) {
if (err){
return done(err);
}
if (user) {
console.log("ROOM NAME FOUND");
req.roomNameAlreadyInUse = true;
next();
} else {
req.roomNameAlreadyInUse = false;
console.log("ROOM NAME NOT FOUND");
next();
}
});