Anche io ho riscontrato questo problema. Ed è stato causato dall'aggiornamento di mongodb senza spegnere il server mongo.
Ora che hai già la nuova versione di mongodb (dillo dalla versione mongo shell). Puoi risolverlo semplicemente riavviando mongod processo.
Per avviare e arrestare il processo mongo, vedere https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes
