Puoi aggiungere una query alla tua dichiarazione di aggiornamento:
db.foo.update({'title.de': {$exists : false}}, {$set: {'title.de': ''}})
Aggiorna
Per la tua domanda modificata la mia soluzione è simile a questa:funzionerebbe per te? (Se no, perché?)
db.foo.update({site_id: 'xxx', 'title.de': {$exists : false}}, {$set: {'title.de': ''}, {multi: true})
db.foo.update({site_id: 'xxx', 'content.de': {$exists : false}}, {$set: {'content.de': ''}}, {multi: true})