Puoi usare $addToSet con il framework di aggregazione per contare oggetti distinti.
Ad esempio:
db.collectionName.aggregate([{
$group: {_id: null, uniqueValues: {$addToSet: "$fieldName"}}
}])
O esteso per inserire i tuoi valori univoci in un elenco corretto anziché in un documento secondario all'interno di un record _id nullo:
db.collectionName.aggregate([
{ $group: {_id: null, myFieldName: {$addToSet: "$myFieldName"}}},
{ $unwind: "$myFieldName" },
{ $project: { _id: 0 }},
])