Non sembra esserci alcun modo per escludere un campo (come _id ) utilizzando mongoexport.
Ecco un'alternativa che ha funzionato per me su database di dimensioni moderate:
mongo myserver/mydb --quiet --eval "db.mycoll.find({}, {_id:0}).forEach(printjson);" > out.txt
Su un database di grandi dimensioni (molti milioni di record) può volerci del tempo e l'esecuzione influirà su altre operazioni che le persone tentano di eseguire sul sistema:
