$nin con $espr

$nin è un operatore di query non un operatore di aggregazione e anche $expr supporta solo l'aggregation operatori non la query quelli. Quindi, probabilmente dovresti usare $not $in con il $expr espressione in questo modo

{
  "$match": {
    "$and": [
      {
        "$or": [
          {
            "Multi_User": {
              "$exists": False
            }
          },
          {
            "$expr": {
              "$not": { "$in": ["$CreatedBy", "$Multi_User"] }
            }
          }
        ]
      }
    ]
  }
}