Il MongoDB 3.2 appena rilasciato supporta lo svolgimento dell'indice dell'array.
Invece di passare un percorso, il $unwind operatore, puoi passare un oggetto con il campo path e il campo includeArrayIndex che conterrà l'indice dell'array.
Dalla documentazione ufficiale di MongoDB:
{
$unwind:
{
path: <field path>,
includeArrayIndex: <string>,
preserveNullAndEmptyArrays: <boolean>
}
}