Usa $in
operatore per passare l'elenco dei valori di facoltà per rimuovere i documenti dall'array incorporato. Altro here
Prova
db.groups.update(
{"_id": ObjectId("5a7da1bda21d5f3e8cf005b3")},
{"$pull":{"group_members":{"faculty_number":{$in:[8025,7323]}}}}
)