Sebbene l'eliminazione sia un po' scomoda da fare in questo modo, puoi invece eseguire un aggiornamento per modificare i dati, a condizione che i tuoi dati siano semplici (come l'esempio che hai fornito). La seguente query dividerà sostanzialmente le due stringhe XML in tabelle, le unirà, escluderà i valori non nulli (corrispondenti) e lo riconverterà in XML:
UPDATE @table
SET [column] = (
SELECT p.i.value('.','int') AS c
FROM [column].nodes('//i') AS p(i)
OUTER APPLY (
SELECT x.i.value('.','bigint') AS i
FROM @parameter.nodes('//i') AS x(i)
WHERE p.i.value('.','bigint') = x.i.value('.','int')
) a
WHERE a.i IS NULL
FOR XML PATH(''), TYPE
)
