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Una query REPLACE INTO è una buona pratica?

Entrambi REPLACE INTO e il ON DUPLICATE KEY l'alternativa suggerita è SQL non standard dalla variante MySQL. Quindi se lo usi dipende da a) se stai usando MySQl eb) se vuoi essere legato a quella variante.

ANSI SQL definisce un MERGE sintassi più standard, se implementata sulla tua piattaforma