È meglio fare un equi join nella clausola from o dove

In generale non fa differenza semantica.

C'è un caso limite in cui può fare però. Se il (obsoleto) GROUP BY ALL costrutto viene aggiunto alla query come illustrato di seguito.

DECLARE @A TABLE(A_ID INT, DURATION DECIMAL(3,2) )
INSERT INTO @A VALUES(1,2.00)

DECLARE @B TABLE(A_ID INT)
INSERT INTO @B VALUES(1)

/*Returns one row*/
SELECT *
FROM @A A
INNER JOIN @B B ON A.A_ID = B.A_ID
WHERE A.DURATION = 3.00
GROUP BY ALL A.A_ID, A.DURATION, B.A_ID

/*Returns zero rows*/    
SELECT *
FROM @A A
INNER JOIN @B B ON A.A_ID = B.A_ID  AND A.DURATION = 3.00
GROUP BY ALL A.A_ID, A.DURATION, B.A_ID