Il driver RODBC sembra pensare che quando SQL Server restituisce qualsiasi conteggio di righe, l'intera istruzione è completa. Quindi è necessario impostare nocount all'inizio dell'istruzione o della procedura memorizzata che viene chiamata.
set nocount on
Ciò mi ha permesso di utilizzare una procedura memorizzata che utilizzava la tabella temporanea in R.