http://www.php.net/manual/en/function.mssql-query.php#104263
Non uso affatto MS SQL, ma ho letto brevemente su questo. Sembrerebbe necessario effettuare una chiamata a sqlsrv_next_result. Un esempio è fornito in quel commento:
$query = "INSERT INTO test (col1, col2) VALUES (?,?); SELECT SCOPE_IDENTITY()";
$resource=sqlsrv_query($conn, $query, $arrParams);
sqlsrv_next_result($resource);
sqlsrv_fetch($resource);
echo sqlsrv_get_field($resource, 0);