Se ho capito bene, hai installato pgAagent ma non si avvia quando esegui i lavori. Hai provato ad avviarlo da terminale? Il servizio potrebbe essere inattivo (lo avvio manualmente ogni volta che il sistema di database viene riavviato).
Utilizzando l'utente postgres ...
sudo su - postgres
... esegui il seguente comando (supponendo che tu sia sul server db):
pgagent hostaddr=127.0.0.1 dbname=postgres user=postgres -s pgagent_log.log
Spero di esserti stato d'aiuto. Saluti!