La query nativa JPA restituisce Double o BigDecimal

Entrambi BigDecimal e Double estendere Number , quindi puoi fare:

Number singleResult = ((Number) entityManager.createNativeQuery(sqlString).getSingleResult());
double resultAsDouble = singleResult.doubleValue();
BigDecimal resultAsBigDecimal = new BigDecimal(singleResult.toString()); 

Usa resultAsDouble se vuoi il tipo primitivo, ma non ti interessa preservare la precisione esatta, usa resultAsBigDecimal altrimenti.