Sembra che abbia trovato la risposta su /r/flask di reddit.
http://www.reddit.com/r/flask/comments /1glejl/alambic_autogenerate_column_changes/cale9o0
Basta aggiungere "compare_type=True" ai parametri context.configure() all'interno della funzione "run_migrations_online" di env.py.
context.configure(
connection=connection,
target_metadata=target_metadata,
compare_type=True
)
