Il tuo database è stato probabilmente creato con una lingua diversa.
Controlla \l+ in psql sulle vecchie e nuove versioni. Avranno impostazioni locali diverse.
Altre possibilità sono diversi sistemi operativi/versioni. PostgreSQL usa le regole locali di libc e alcune piattaforme (in particolare Mac OS X) hanno una sorta di... speciale... libc.
Il 9.1.9 con un en_AU.UTF-8 database in esecuzione su Fedora 19 ottengo:
regress=> select lower('Æ');
lower
-------
æ
(1 row)
