L'estensione MySQL è leggermente più veloce di MySQLi nella maggior parte dei benchmark che ho visto. La differenza è così lieve, tuttavia, che questo probabilmente non dovrebbe essere il tuo criterio per decidere tra i due.
Altri fattori sminuiscono la differenza di prestazioni tra mysql e mysqli. L'uso di mod_php o FastCGI, una cache di bytecode come APC o l'uso giudizioso della memorizzazione nella cache dei dati per ridurre gli accessi al database, sono molto più vantaggiosi per le prestazioni complessive degli script PHP rispetto alla scelta dell'estensione MySQL.
Non essere penny saggio e non essere sciocco! :-)