Prova questo...
INSERT INTO admin_rule_module VALUES (13, 2, 'allow')
ON DUPLICATE KEY UPDATE permission = 'allow', entity_id = 2;
Supponendo che tu abbia almeno una chiave KEY UNICA (rule_set_id, entity_id). Se vuoi farlo con un condizionale e più istruzioni, devi inserirlo in una PROCEDURA o in una FUNZIONE.