quello che farei è dividerli
data :
{
sort1:$('#sortable1').sortable('serialize'),
sort2:$('#sortable2').sortable('serialize')
}
quindi quando pubblichi puoi ottenere la richiesta e impostarle secondo necessità, spero che abbia senso
quindi quello che faccio è questo
parse_str($_REQUEST['sort1'],$sort1);
foreach($sort1 as $key=>$value){
//do sutff;
}