Non è una scorciatoia da tastiera.
L'unica scelta è aprire un'altra sessione, utilizzare SHOW PROCESSLIST e poi KILL QUERY quello che vuoi terminare.
Puoi anche usare mysqladmin
strumento da riga di comando per emettere questi comandi.
In ogni caso, richiede il login. Quindi non è un gran vantaggio rispetto a premere semplicemente Ctrl-C.