CSV non ha il concetto di "Nulls". È impossibile distinguere tra un campo che è nullo e un campo che ha un valore legittimamente vuoto (ad esempio una stringa vuota). Dovrai massaggiare le righe mentre le carichi prima dell'inserimento della query, per sostituire eventuali "stringhe vuote" con NULL appropriati
es.
$row = fgetcsv(...);
$row[0] = 'NULL';