Quando esegui dal prompt dei comandi dopo aver compilato la tua classe, usa questo
java -classpath .;mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar Version
Conserva entrambi i file jar e java nella stessa directory e prova. uso ";" invece di ":" come menzionato sopra. includi il nome del pacchetto, se presente. Ne ho testato il funzionamento.