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Query da riga di comando all'interno di Java

Non credo che tu possa farlo. Con db.command() sei limitato a questi comandi . Forse potresti far funzionare qualcosa del genere (ho problemi con l'ottenimento dei risultati previsti)

    final DBObject command = new BasicDBObject();
    command.put("eval", "function() { return db." + collectionName + ".find(); }");
    CommandResult result = db.command(command);

A proposito, perché non usi chiamate concatenate come db.getCollection(collectionName).find(); per evitare di attenersi a una raccolta?