Come ottenere valori di incremento automatico per una colonna dopo aver caricato un dataframe Pandas su un database MySQL

Puoi assegnare l'ID da solo:

import pandas as pd
df['ID'] = pd.read_sql_query('select ifnull(max(id),0)+1 from db_table',cnx).iloc[0,0]+range(len(df))

dove cnx è la tua connessione e quindi carica il tuo df.