#1066 - Tabella/alias non univoca:

Sembra che tu stia selezionando dalla stessa tabella due volte. Ognuna di queste occorrenze ha bisogno del proprio alias:

SELECT
    l.url
FROM
    b as b1 /* <-- */
    INNER JOIN links as l
      ON b1.parent_id = l.id
    INNER JOIN b as b2 /* <-- */
      ON l.id = b2.link
WHERE l.url LIKE 'http://domain%' LIMIT 0, 30

Tieni presente che ho anche aggiunto l'alias mancante l per i links tabella.