In un server da 1 GB, non avere innodb_buffer_pool_size più di circa 200 M. L'impostazione su 800M causerà lo scambio. MySQL si aspetta che le sue cache rimangano nella RAM; quando vengono scambiati su disco, le prestazioni ne risentono terribilmente.
Il tuo tavolo è probabilmente troppo grande per essere completamente memorizzato nella cache. Quindi, una "scansione della tabella" esaurirà la cache, rendendo la cache inutilizzabile e la query verrà eseguita alla velocità del disco. Trova un modo per evitare query del genere o ottieni più RAM.
