Hai provato #define HAVE_INT8_T (e simili, immagino che lo stesso accada per altri tipi) prima di includere l'intestazione MySQL?
Cioè. qualcosa come
...
#define HAVE_INT8_T
#include "MySQL.h"
...
EDIT:se MySQL.h include qualcosa come un "config.h", che rovina di nuovo le cose, potresti provare a includere direttamente quel config.h, quindi regolare le definizioni errate, quindi includere MySQL.h. Probabilmente ci sarà una protezione di inclusione attorno a config.h per impedire che venga incluso di nuovo.
