MySQL cerca i prodotti con i loro attributi

Devi iscriverti con product_filters separatamente per ogni attributo:

SELECT DISTINCT products.*  
FROM products
JOIN product_filters AS f1 ON f1.product_id=products.id
JOIN product_filters AS f2 ON f2.product_id=products.id
WHERE ( f1.attribute_id=1 and f1.filter_id in (1,2) )
AND ( f2.attribute_id=3 and f2.filter_id in (6) )

DEMO

La tua versione ha cercato di trovare una singola riga in product_filters che ha entrambi gli ID attributo, il che non è possibile.