Esportare la tabella MySQL in formato SQL?

Non reinventare la ruota. Ciò di cui hai bisogno esiste già quasi pronto all'uso:

<?php
    $result = exec("/path/to/mysqldump -u$username -p$password your_database your_table > /desired/output/path/dump.sql");

Potresti voler controllare il contenuto di $result in seguito, per assicurarsi che tutto andasse liscio.

Manuale di riferimento qui.