Ecco una semplice espressione regolare MySQL che consente determinati caratteri tra raggruppamenti di numeri.
SELECT telephone_number
FROM table
WHERE telephone_number REGEXP '^1[() -]*999[() -]*999[() -]*9999$';
Questo corrisponde i tuoi record ma non formatta loro in modo tale che il misc. i caratteri vengono rimossi, ma puoi almeno trovare i record che corrispondono al numero in questione.
Potresti facilmente correggere la formattazione modificandola in una dichiarazione di aggiornamento.