Non sembra che mysqlimport possa leggere da STDIN, ma forse puoi sperimentare con una named pipe . Qualcosa del genere (non testato)
mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile
Oppure puoi utilizzare un'estensione a bash per eseguire comandi anziché file
mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)
