Hai ragione, non dovresti memorizzare i contatti in una stringa. Utilizzare invece un'altra tabella che contiene le informazioni sull'utente. La nuova tabella dovrebbe essere simile alla seguente:
Table: user_contacts
| user_id | contact_id | confirm |
-------------------------------------------
| your data here... |
Quindi quando hai bisogno del tuo elenco di contatti puoi semplicemente eseguire un'altra query:
SELECT * FROM `user_contacts`
JOIN `users` ON `users`.`id` = `user_contatcs`.`user_id`
WHERE `users`.`id` = $id
ORDER BY `users`.`name`;
O comunque tu debba ordinarlo.