Il tuo LEFT JOIN con la condizione consignment.id >id1 sta quasi creando un prodotto catesiano. Quello che probabilmente vuoi è inserire solo righe con un id più alto dalla tabella di origine rispetto al id1 più alto nella tabella di destinazione. Dovresti usare un SELECT MAX(id) subquery invece:
SELECT [..]
FROM `eamglo5_singaporelive`.`consignment`
WHERE `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.`processed`=1
and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.date_booked>'2018-07-17'
and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.id > (
SELECT MAX(id1) FROM eamglo5_billingsystem.`consignment`
)
