Lo stesso problema è successo a me a causa di uno schema_filter nella mia configurazione. Il mio file dottrina.yaml (Symfony 4) aveva quanto segue:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(table_1|table_2|table_3)$~
Ho dovuto semplicemente aggiungere "migration_versions" al filtro dello schema in questo modo:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(migration_versions|table_1|table_2|table_3)$~