Nonostante la documentazione che dice che le voci vuote sono mappate al valore 0 , LOAD DATA INFILE infatti non gestisce voci vuote. Devono avere un valore appropriato al tipo di dati della colonna oppure la sequenza \N per indicare NULL.
Vedi il bug http://bugs.mysql.com/bug.php?id=64603
Per risolvere questo problema, puoi sostituire \N per le voci vuote con un comando sed (o qualsiasi altro strumento di sostituzione del testo equivalente che usi su Windows).
Vedi anche MySQL carica valori NULL dai dati CSV
