È possibile risolvere questo problema mappando la tua associazione due volte nel modo seguente con @Where annotazione.
@ManyToMany(mappedBy = "agents")
@Where(clause = "status = 'ACTIVE'")
private List activeMissions
@ManyToMany(mappedBy = "agents")
private List missions
La spiegazione completa può essere trovata qui https://thinkts- on-java.org/hibernate-tips-filter-entities-mapped-association/
