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PDO:Costo della chiamata prepare() in un ciclo?

non vorresti "ri-preparare" la stessa query più volte. questo è lo scopo della dichiarazione di preparazione. lo prepari una volta, colleghi le variabili, quindi cambi semplicemente i valori delle variabili ed esegui nuovamente ogni iterazione del ciclo.

http://www.php.net/manual/en/pdostatement.bindparam .php

farlo in questo modo aumenterà notevolmente le tue prestazioni rispetto a metodi alternativi.