Mysql
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Applicazione Java eseguibile (JAR) con database confezionato all'interno

A mio parere SQLite e Apache Derby (http://db.apache.org/derby/ ) sono entrambi utili per un tale piano. Alcuni anni fa ho fatto cose del genere con il derby e funziona ancora. A quel tempo ho semplicemente impacchettato la cartella che conteneva jre, il programma, libs (jar's) e la cartella dei dati di derby.

Come ricordo:sqlite era molto facile da usare mentre derby è più sovraccarico imparare.