A mio parere SQLite e Apache Derby (http://db.apache.org/derby/
) sono entrambi utili per un tale piano. Alcuni anni fa ho fatto cose del genere con il derby e funziona ancora. A quel tempo ho semplicemente impacchettato la cartella che conteneva jre, il programma, libs (jar's) e la cartella dei dati di derby.
Come ricordo:sqlite era molto facile da usare mentre derby è più sovraccarico imparare.