La persistenza di WebSphere MQ è sempre un filesystem locale per piattaforme distribuite. Sul mainframe c'è la possibilità di utilizzare un database DB2 in un Sysplex con Coupling Facility ma per tutto il resto è un filesystem.
Inoltre, non esiste una persistenza locale per i client WebSphere MQ. Solo il Queue Manager manterrà i messaggi.
Nella famiglia WebSphere, System Integration Bus di WebSphere Application Server ha la capacità di utilizzare un database per la persistenza dei messaggi. SIBus è un'implementazione JMS fornita con WAS per lo scambio di messaggi nella cella WAS e tra istanze WAS.
