Poiché le istruzioni preparate lato server sono disabilitato per impostazione predefinita da Connettore/J 5.0.5 su , c'è una discreta possibilità che, combinata con l'introduzione di fractional secondo supporto in MySQL 5.6.4 causano il tuo problema.
Prova ad aggiungere useServerPrepStmts=false alla stringa di connessione (che dovrebbe anche garantire che System.out.println stampa davvero l'SQL che viene eseguito e non solo un'approssimazione).
