Dipende dalla tua necessità di dati alla fine della giornata. Devi essere in grado di eseguire audit sui dati al di fuori dello scorrimento di un file. Se non è necessario sfogliare i dati o archiviarli per sempre, molto probabilmente un file flat sarà più veloce di MySQL, se si sta semplicemente aggiungendo alla fine di un file.
Se hai bisogno che i dati siano più utili, ti consigliamo di archiviarli in mysql. Ti suggerirei di strutturare la tua tabella come:
id int
timestamp datetime default now()
desc varchar
In questo modo non devi creare effettivamente un timestamp in PHP e lasciare che mysql faccia il lavoro, quindi sarai in grado di eseguire query più complesse dalla tua tabella. Ma un'altra considerazione a cui vorrai pensare è il volume dei dati che entrano in questa tabella, poiché ciò influenzerà anche la tua decisione finale.